通常情况下，零申报企业进行代理记账，其大致按照如下流程来进行;
一、达成合作
在零申报企业有了代理记账的服务诉求后，需对市面上的代理记账公司进行区分与选择，确定合作机构，并与之签订正式的代理记账服务合同。在合同中明确服务内容，收费标准，双方权责和义务等事项，以免后续账务处理期间产生不必要的纠纷。代理记账服务合同的存在可以保障好双方的权益
二、接收凭证
双方在签订好合同之后，代理记账公司就可以开始为零申报企业提供记账报税服务了，在此期间，委托企业需按照代理记账公司要求提供相关证件及材料，并按时提供经营期间产生的票据和凭证，从而以为代理记账会计处理企业财务工作提供必要的依据和票据基础。
三、账目处理
代理记账公司会计人员在取得企业票据之后，要对其进行审核、整理，编制记账凭证，然后就可以做账了。做账完成后会为企业编制财务、税务报表，并按照税务报表上的数据为企业进行纳税电报。而若企业符合零申报的要求，虽无需缴纳税款，但也是需要进行申报的。
四、纳税申报
即为企业完成税款缴纳及申报工作。如今，代理记账公司多是进行线上申报，但如果遇到需前往税务部门现场办理的情形，代理记账公司会计人员也会前往税务大厅为企业进行代办。然后，在申报完成返还给委托企业财务、税务资料，并对下一阶段工作做出安排。
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