股权回购的税务问题，比较复杂，与股权回购相关的税收政策也较为复杂，目前，并没有一套较为完整的股权回购税务处理政策，而是散布在各个税种中。
（1）对于股份出售方来说，与一般的股份出售税务处理是完全相同的，可能涉及增值税、企业所得税或个人所得税，现行税收政策均有相应的处理规定。具体来说，如果涉及上市公司股票，根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，按照“金融商品转让”项目缴纳增值税；根据股份出售方是法人企业及个人的不同情况，分别按照财产转让所得缴纳企业所得税或者个人所得税。
（2）对回购方来说，主要涉及企业所得税的税务处理。如果股东回购股份、并予以注销，可以适用《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）。此时，对于企业股东而言，属于撤回或减少投资，企业股东应确定投资收回、股息所得和股权转让所得。其中，股息所得，可根据企业所得税法及其实施条例相关条款判定是否属于免税收入。
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