实务中，部分建筑企业收入确认方式为按照实际收款、开具发票来确认增值税纳税义务，同时确认收入，结转成本，未能严格按照《企业会计准则第14号—收入》以及《企业所得税法》的相关要求处理，存在收入结转与实际施工进度不符的问题，由此会引发增值税纳税义务、企业所得税纳税义务与税法规定错位的情形，存在一定的纳税风险。
笔者认为，根据现行税法政策规定，建筑企业增值税纳税义务发生时间应按照开票时间、合同约定收款时间、实际收讫销售款项时间三者孰早原则确认，会计收入和所得税收入应跟随完工百分比的工程进度计算，因此建筑企业存在实际开票结算金额、会计核算税收收入、实际收款金额不一致的情况属于正常现象。
但鉴于实务操作的麻烦性、复杂性，很多企业选择按照开票金额直接作为会计和所得税收入金额，将会计、所得税和增值税收入统一，在一定程度上而言，按照实际开票金额来进行财税核算从某种意义来讲也遵循了“完工进度百分比法”的内在逻辑要求，只是人为性、主观性、随意性太强，无法成为普遍性规则来统一执行，而且这种做法可能导致实际增值税、企业所得税缴纳时间滞后于现行税法规定的纳税义务发生时间以及前期成本过度结转的税务风险，如果由于企业经营现状导致当前暂无法完全满足按照完工进度核算的要求，建议尽可能使得实际开票时间与合同约定结算节点、实际工程完工进度保持一致或者相近，以尽量降低外部税务检查要求补税罚款滞纳金的风险程度。当然财务部门最好是严格按照现行会计准则、税收政策的要求来进行财税处理，并基于真实反映经营情况、综合权衡财税风险、准确进行项目预算、方便资金管理及绩效考核等因素反向对企业经营层面、业务层面提出优化建议以实现财务管理综合提升的目的。
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