1、侵蚀税基税本。
采取“账外经营”手段隐瞒销售收入，直接减少增值税计税基础和间接影响企业所得税计税基础，偷逃了国家税款，罚款不说，严重者还得承担刑事责任。
2、埋下管理隐患。
“账外经营”给经办人员捞取“灰色收入”提供了便利，侵蚀了企业投资人的所有者权益，给企业发展埋下了隐患。
3、加大违法风险。
按照总局及相关部委发布的相关文件，企业上了税收“黑名单”，会计也会被牵连，不仅会计证被吊销，严重者将承担法律责任。
企业一旦被发现存在账外经营行为，其不缴或少的销售额还是要依法缴纳，而且滞纳金更是少不了。根据《关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》（国税发[1998]66号）第一条第二款，纳税人的偷税手段如属账外经营，即购销活动均不入账，其不缴或少缴的应纳增值税额，即偷税额为账外经营部分的销项税额抵扣账外经营部分中已销货物进项税额后的余额。已销货物的进项税额按下列公式计算：
已销货物进项税额=账外经营部分购货的进项税额-账外经营部分存货的进项税额
另外，据国家税务总局关于修改《国家税务总局关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》的通知（国税函[1999]739号）纳税人账外经营部分的销售额（计税价格）难以核实的，应根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十六条第（三）项法规按组成计税价格核定其销售额。
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