个体户和有限公司在税务处理上存在着显著的不同。这些差异主要体现在税务登记、申报流程、税款计算以及缴纳方式，还有所享受的税收优惠政策等方面。
首先，个体户的税务处理相对简单。他们通常选择查账征收或核定征收等方式来确定应缴税款。查账征收是根据个体户的账簿记录来计算税款，需要自行申报营业收入成本等财务数据并计算缴纳税款。定期定额征收则适用于生产经营规模较小且没有建账能力的个体工商户。此外，由于个体户的规模相对较小，他们不需要进行相对繁琐的复式记账做账。（由于核定征收方式让不法分子利用进行偷税漏税，广州目前已经开始逐步调整个体征收方式为查账征收）
相比之下，有限公司的税务处理则更为复杂和规范。有限公司需要每月进行做账报税，根据企业自己申报的收入来计算应缴税款。这要求企业必须建立完善的会计制度，并严格按照规定进行申报和缴纳。此外，有限公司还可以享受一些税收优惠政策，这有助于降低企业的税负。
此外，个体户和有限公司在纳税种类上也存在差异。个体工商户的经营所得只需缴纳个人所得税，而有限公司的经营所得则需要缴纳企业所得税，同时股东获得公司利润还需要缴纳个人所得税。
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