一、印花税
印花税是平时容易忽视的小税种，但注销的时候一定要会被翻个底朝天实收资本、资本公积、营业账簿、租赁、购销合同以及企业成立以来的重大合同都是检查的重点。印花税采用的是正向列举的方法，凡是《印花税暂行条例》中规定的合同，都应该缴纳印花税，相反没有列举的，则不用缴纳。建议企业先自查一遍，该补税的及时补税。
二、个人所得税
财税[20031158号规定，老板自公司借款，一个纳税年度没有归还，也没有用于生产经营的，应该视同分配股息红利，按照20%扣缴个税。因此企业注销前一定要好好自查一下“其他应收款”科目。
三、账面存货低价销售
企业处理临期商品或因清偿债务、转产、歇业等原因进行降价销售商品一般可视为有正当理由的低价销售行为，不会被税务局以价格偏低而进行核定。
四、账面库存分配给投资者
一家商贸公司，账面有一批20万元的商品，市场价格是25万元，注销时计划将商品分配给股东。按照《增值税暂行条例实施细则》的规定，将商品分配给投资者应该视同销售，应缴纳的销项税是3.25(25*13%)万元
五、库存损毁了怎么处理?
家商贸公司，在注销时发现，一批113万元的存货由于管理不善毁损没有价值了，这批货物前期已经抵扣了进项税。由于是管理不善导致的毁损注销时应该转出进项税13 (113/1.13*13%)万元
六、留抵税额能退吗?
企业注销后，期初存货中尚未抵扣的已征税款，以及留抵税额，税务机关不再退还。企业可以将相当于该部分进项税额的货物销售给关联公司，产生销项税，同时能给关联公司开具进项发票，将留抵的税额转嫁给关联公司。
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