首先我们来看个税局网站的问题，企业是这样问的：“我公司从事全过程造价咨询行业，目前收到甲方支付的预付款时，我们开具了增值税专用发票，并申报了增值税，但由于不满足收入确认条件，我们未确认收入。这样造成了增值税收入与企业所得税收入不一致，这样可以吗？”
税局答复：依据企业所得税收入确认的条件，企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。另依据国税函〔2008〕875号规定：“一、除企业所得税法及实施条例另有规定外，企业销售收入的确认，必须遵循权责发生制原则和实质重于形式原则。……而增值税按照纳税义务发生时间确认，依据财税2016年36号文的规定，纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。收讫销售款项，是指纳税人销售服务、无形资产、不动产过程中或者完成后收到款项。取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天。因此，企业所得税与增值税收入确认的条件并不完全一致。如您公司仅收取预付款，不具备上述企业所得税收入确认条件，未确认收入导致的增值税收入与企业所得税收入不一致属于合理差异。”
通过税局答复，我们看到了两税的背后逻辑是不同的。我们知道开票金额的背后逻辑实质是纳税义务发生时间，依据财税2016年36号文的规定，也就是说增值税纳税义务发生时间最重要判断标准是交易和款项同时符合条件，交易（也就是应税行为）已经发生，而且必须收到款或者到了收款期，两个条件同时成立才符合增值税缴纳条件，关于款项的收取，一般会在合同中有明确的规定，何时应支付款项。而企业所得税的收入确认时间需要交易发生，同时需要控制权转移、收入可靠计量、成本可靠计量等其他三个条件同时成立，必须遵循权责发生制原则和实质重于形式原则。
从上面的分析可以看出，虽然增值税和所得税税法规定不完全相同，但还是有相似之处，比如通常都会要求交易发生，都会紧盯付款等等，因此正常情况下两税申报收入是要保持一致的，最典型的就是一般工业和商业企业的货物销售行为，开票通常应当同步确认所得税收入；还有餐饮、酒店、生活服务业和大量的现代服务业基本上都是服务提供与付款同步。那么哪些特殊情形会导致开票收入与所得税收入不一致呢？
1. 因纳税义务时间不同产生两税申报收入不一致
（1）纳税人发生委托代销行为时，增值税以“收到代销清单”或者“收到全部或者部分货款”确认销售额；企业所得税以“收到代销清单”确认销售额。如果企业先收到代销清单后收到货款，则两税同时确认收入；如果纳税人先收到货款后收到代销清单，则增值税先确认收入；如果纳税人既没有收到代销清单也没有收到货款，在“发出代销货物满180天的当天”也要确认增值税收入，而企业所得税还要等待代销清单的到达。
（2）租赁服务，以房屋租赁为例，通常情况下，租赁合同会约定预收房租，这时增值税的纳税义务就会立即产生。然而，企业所得税上按照合同约定的应付租金的日期确认收入，跨年且一次性收取的租金可以按照租赁期间逐步确认收入。很显然，增值税要先于企业所得税确认收入。这种不一致性是正常的，如果强行保持一致，反而可能导致企业提前过多缴税。
（3）托收承付方式销售货物，在托收承付方式下，增值税要求在“发出货物并办妥托收手续的当天”确认收入，而企业所得税只需“办妥托收手续”即可确认收入。如果纳税人先发出货物后办妥托收手续或同时完成，则两税在收入确认上没有差异。如果纳税人先办妥托收手续后发出货物，则企业所得税要先于增值税确认收入。
（4）建筑企业的经营非常特殊，财税配比是以项目为单位实现的，但未完工年度又需要以权责发生制确认当年度收入，这就出现了完工百分比法，所得税应按照完工百分比计算确认。但增值税确认原则则是按照工程结算金额确认纳税义务，这就一定导致所得税收入和当期工程结算并支付价款的金额不一致。
2. 因申报金额不同产生两税申报收入不一致
纳税人在生产经营中发生固定资产、无形资产处置转让行为，均应按照出售价格和适用税率或征收率计算申报缴纳增值税，但在会计处理和企业所得税纳税申报上，则是将资产处置收入扣除账面价值和相关税费后的金额计入营业外收入或营业外支出。很明显，这会造成增值税申报收入大于企业所得税申报收入。
3. 导致开票收入与所得税收入不一致的其他情况
比如视同销售，将货物用于非增值税项目，用于个人消费或员工福利等，尽管在会计上并未进行销售处理，但在增值税中，进项抵扣和销项产生的链条终止，要视同销售确认收入。在企业所得税中，视同销售代表货物所有权的转移。两税视同销售情况并不完全一样，例如，我们将购买的货物用于集体福利或个人消费，增值税上并不视为销售，而是作为进项转出，但在企业所得税中，这被视为销售，并按照公允价值确认收入。另一个例子是，总机构将货物转移到外省分支机构，增值税上视同销售，但在企业所得税中并不视同销售。
除此之外，对于取得的各种财政补贴、增值税免税业务等，也可能形成两税申报收入差异。
【总结】
多数情况，多数行业中，开票金额和所得税收入金额是一致的，如果出现不一致可能导致风险；特殊情况下开票金额和所得税收入金额就应当不同，强行统一反而带来税务风险。
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