一是关于存量留抵税额和增量留抵税额。允许退还的留抵税额，是以留抵税额的余额为基础进行计算的，留抵税额包括增量留抵税额和存量留抵税额。
存量留抵税额，是指留抵退税制度实施前纳税人形成的留抵税额。在确定存量留抵税额时，以纳税人2019年3月底的期末留抵税额为标准值。如果纳税人当期期末留抵税额大于2019年3月底的期末留抵税额，以2019年3月底数为存量留抵税额。如果纳税人当期期末留抵税额小于2019年3月底的期末留抵税额，以纳税人当期的期末留抵税额为存量留抵税额。需要注意的是，一次性退还存量留抵税额后，存量留抵税额为零。
增量留抵税额，是指留抵退税制度实施后，即2019年4月1日以后纳税人新增加的留抵税额。如前所述，如果纳税人当期的期末留抵税额大于2019年3月底的期末留抵税额，则增加部分即为增量留抵税额。需要注意的是，一旦纳税人获得存量留抵退税后，不再需要与2019年3月底的期末留抵税额进行比较，当期期末留抵税额即为增量留抵税额。
二是关于进项构成比例的规定。为简化操作，减轻纳税人核算负担，此次留抵退税新政策不区分存量留抵退税和增量留抵退税，均设置统一的进项构成比例。同时，计算取数区间也与老政策相同，统一设置为2019年4月1日至申请退税前。
需要说明的是，纳入进项构成比例计算的扣税凭证中，增加了带有“增值税专用发票”字样全面数字化的电子发票和纳入进项抵扣凭证范围的收费公路通行费增值税电子普通发票，作为进项构成比例计算公式的分子，且这一调整也同样适用于继续实施的老政策。
三是关于可退还的留抵税额。以纳税人当期的增量留抵税额或者存量留抵税额，乘以进项构成比例，即计算出纳税人当期可退还的增量留抵税额或者存量留抵税额。
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